在学术论文写作中，许多作者往往由于没有掌握注释写作要领，而造成各种注释问题，比较常见的是注释位置不当、注释内容烦琐、注释表述不清、注释质量不高等。这些注释问题通常会影响学术论文的流畅性、严谨性和清晰性。为了能够很好地解决学术论文中这些注释问题。
一、注释位置不当。注释位置不当主要表现在两个方面。一个方面是，注释的整体位置不当。目前，学术论文中的注释方式主要有两种，一种是“页末注”，一种是“文末注”。“页末注”是指学术论文正文中每出现需要注释的部分，就会有一个注释号，并以上角标形式出现，相应地，在当页的左下角，把注释的信息呈现出来，如果该页有多个需要注释的部分，就列出多个注释号，该页的左下角就按顺序把这些注释的信息全部呈现出来。下一页出现新的注释，则以页为单位另排注释序号，并在该页左下角呈现注释信息。
“文末注”是指学术论文正文中需要注释的部分从前到后按顺序编注释号，并以上角标形式出现，最后在文章末尾以注释号为序，把注释的信息全部呈现出来。注释的整体位置不当，主要是针对“文末注”的形式而言。一些作者撰写论文时，会把“文末注”的注释整体放在学术论文的最末。这显然是欠妥当的，因为期刊中学术论文的“文末注”的注释整体一般放在参考文献之前。
注释位置不当的另一个表现是在论文的标题、摘要、关键词、结论处加注。一篇论文的标题、摘要、关键词、结论部分是非常重要的部分，这些部分应该语意清晰、信息显豁。所以，对这些部分中的某个信息进行注释也是不当的。
二、注释内容烦琐。注释内容烦琐主要有两种表现样态。一是在正文中和注释中分别用不同语言陈述相同的观点。有些作者在正文中陈述了一个外国学者的观点，该观点是作者直接从英语原文中翻译过来的，但是作者还要以注释的形式列出该观点的原文。这样的注释显得非常烦琐，甚至影响读者的阅读兴趣。
注释内容烦琐的另一种表现是注释和参考文献内容重复。一些学术论文中已列出许多注释，说明了引文或观点的出处，已包括了具体的作者、页码、出版者、出版时间等信息，但在参考文献中，还是再次一一列出这些信息。有些学术论文中，注释和参考文献仅是格式不同，如参考文献标注了文献识别码，而注释则没有。有些学术论文中，注释和参考文献的格式和内容完全相同，唯一不同的是排列顺序不同。
三、注释表述不清。注释的根本功能是引导读者清晰理解相关信息，并给读者更多的信息，以方便读者查阅相关信息，但是一些学术论文中的注释却不能发挥应有的功能。究其原因，作者语言表达能力较差，或是作者由于自身喜好或自身具有的逻辑判断能力，不能清晰地确定注释中的内容。
四、注释质量不高。注释虽小，但是并非所有学术论文中的注释都是高质量的。要写出高质量的注释也并非易事，注释质量不高的情况主要有以下几种：
1.当注不注。许多学术论文会涉及文化常识、文化背景、专业术语、专业知识、缩略词、信息来源等，这些信息以简明清晰的注释样态呈现出来，可能对读者有很好的参考作用。一些作者在学术论文中频繁给出专业术语和缩略词，但又缺失加注的意识和习惯，没有给出相应的注释，这无疑会使学术论文应有的丰富信息大量缺失，论文的质量大打折扣。
2.注释无标准，长短不均衡。不同的学术论文，注释类别不同，数目各异。一些学术期刊由于遵从独有惯例和出版规则，对注释的内容和形式也会有独特的要求。这些客观因素制约着不同学术论文注释写作应该遵从的标准，也制约着注释的长短。但是，同一篇学术论文中的注释应该遵循相同或相近的标准，长短上应均衡。一些论文中，作者会依据自己对相关知识的了解情况，对文化常识和专业术语给出较长篇幅的注释内容，但对其他各类别项的处理则非常薄弱。这也不妥当。
3.注释粗糙。一些论文的注释重要信息缺漏，或是有明显错误，这是写作者粗心大意、不认真写作造成的。
4.注释照搬原文，缺乏创新。一些论文的注释只是简单地照搬原文，毫无创新价值，根本没有发挥注释应有的功能。
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